Sistem carian Entrez digunakan di NCBI bagi semua pangkalan data utama seperti nukleotida dan jujukan protein, struktur protein, PubMed, taksonomi, genom lengkap, OMIM, dan beberapa yang lain.[9] Entrez ialah sistem pengindeksan dan pemerolehan semula yang mempunyai data daripada pelbagai sumber bagi penyelidikan bioperubatan. NCBI mengedarkan versi pertama Entrez pada tahun 1991, terdiri daripada jujukan nukleotida daripada PDB dan GenBank, jujukan protein daripada SWISS-PROT, terjemahan GenBank, PIR, PRF, PDB, dan abstrak serta petikan yang berkaitan daripada PubMed. Entrez direka khas untuk menyepadukan data daripada beberapa sumber, pangkalan data dan format yang berbeza ke dalam model maklumat seragam dan sistem perolehan yang boleh mendapatkan semula rujukan, jujukan dan struktur yang berkaitan dengan cekap.[10]